Vilkaviškio vyskupijos teritorija padalinta į 7 dekanatus, kuriuose yra 104 parapijos: 27 iš jų – aptarnaujamos (2003 07). Vyskupijoje taip pat yra 42 koplyčios.

Aleksoto dekanatas

Dekanas – kan. Deimantas BROGYS (Aukštoji Panemunė)
Vaidoto g. 9, LT-45481 Kaunas
M. tel. (686) 2 34 01

Vicedekanas – kun. Kęstutis VOSYLIUS (Garliava)
Bažnyčios g. 3b, Garliava, LT-53259 Kauno r.
Tel. (37) 55 12 08

Alytaus dekanatas

Dekanas – g. kan. Arūnas UŽUPIS (Alytus, šv. Angelų Sargų parapija)
Savanorių g. 14, LT-62142 Alytus
Tel. (315) 7 44 77

Lazdijų dekanatas

Dekanas – kan. Vytautas PRAJARA (Meteliai)
Meteliai, LT-67482 Lazdijų r.
Tel. (318) 4 36 35

Vicedekanas – kun. teol. lic. Gintaras URBŠTAS (Lazdijai)
Dainavos g. 4, LT-67118 Lazdijai
Tel. (318) 5 13 55

Marijampolės dekanatas

Dekanas –

Vicedekanas – g. kan. Raimundas ŽUKAUSKAS (Kalvarija)
Ugniagesių g. 18, LT-69206 Kalvarija
M. tel. (612) 6 02 60

Prienų dekanatas

Dekanas – kun. Jonas BALIŪNAS (Prienai)
Kęstučio g. 7, LT-59129 Prienai
Tel. (319) 5 21 90

Šakių dekanatas

Dekanas – kan. Donatas JASULAITIS (Kudirkos Naumiestis)
Bažnyčios g. 28, Kudirkos Naumiestis, LT-71318 Šakių r.
Tel. (345) 5 73 38

Vicedekanas – kun. Sigitas MATUSEVIČIUS (Šakiai)
Vasario 16-osios g. 11, LT-71121 Šakiai
Tel. (345) 5 14 56

Vilkaviškio dekanatas

Dekanas – prel. kan. Vytautas GUSTAITIS (Vilkaviškis)
Vyskupo A. Karoso g. 2, LT-70140 Vilkaviškis
Tel./faks. (342) 5 33 93

Vicedekanas – kun. Algirdas ŽUKAUSKAS (Pilviškiai)
Vasario 16-osios g. 26, Pilviškiai, LT-70485 Vilkaviškio r.
Tel. (342) 6 71 78