Vilkaviškio vyskupijoje veikia šios katalikiškos organizacijos:

vaikų ir jaunimo – ateitininkai, skautai, pasiruošimo piligrimystei centrai, valančiukai;

suaugusiųjų – Lietuvos Kolpingo draugija, Maltos ordino pagalbos tarnyba, Marijos legionas, „Tikėjimo ir šviesos“ bendruomenė, Vyskupo Motiejaus Valančiaus blaivystės sąjūdis.