1999 m. Marijampolėje atidaryta Pal. Jurgio Matulaičio kunigų seminarija, kuri iki 2004–2005 mokslo metų pabaigos ruošė katalikų kunigus Vilkaviškio vyskupijai. Po seminarijos reorganizavimo jos auklėtiniai studijuoja Kauno kunigų seminarijoje.

Nuo 1997 m. Marijampolėje veikia privati katalikiška Marijonų gimnazija. Vidurinį išsilavinimą ir įvairialypį meninį ugdymą šiame mieste teikia ir Krikščioniškosios kultūros centro mokykla. Čia taip pat yra krikščioniškos krypties darželis-mokykla „Želmenėliai“.

Evangelijos dvasia mokinius ugdyti stengiasi Alytaus šv. Benedikto vidurinė mokykla, kurios steigėjai yra miesto savivaldybė ir Vilkaviškio vyskupijos kurija.