Vilkaviškio vyskupijoje darbuojasi Švč. Mergelės Marijos Nekaltojo Prasidėjimo kunigų marijonų kongregacijos nariai. Jų namai įkurti Marijampolėje, prie šv. arkangelo Mykolo mažosios bazilikos. 2003 m. šią bendruomenę sudarė vyskupas, 8 kunigai ir 3 broliai vienuoliai.

Vyskupijoje įsikūrę penkių moterų kongregacijų namai. Kartu su joje gyvenančiomis ir dirbančiomis pavienėmis dar keturių kongregacijų narėmis, 2003 m. čia iš viso buvo 81 sesuo ir 6 naujokės.